Perbezaan Antara Pondok Moden Al-'Abaqirah dengan Sekolah Agama dan Pondok yang lain.
Antara perbezaannya ialah:

• Konsep pembelajaran Pondok Moden ini adalah berteraskan kitab-kitab turath dan disokong dengan pembelajaran akademik. Manakala konsep pembelajaran di sekolah agama dan pondok adalah berteraskan pembelajaran silibus azhari atau akademik sahaja.
• Matlamat penubuhan pondok moden adalah bagi melahirkan golongan pelapis ulama’ dan mufti yang boleh mentafsir serta mengupas isu-isu serta masalah semasa berdasarkan kaedah dan hukum yang digariskan oleh para ilmuan Islam dan para fuqaha’ di samping mempunyai kelulusan akademik yang cemerlang serta mempunyai ijazah dan PhD.
• Guru-guru yang mengajar adalah dari kulit kitab kepada kulit kitab yakni dengan menghabisi dan mengkhatamkan sebuah kitab.
• Sistem pembelajaran yang dijadualkan seawal jam 5.00 pagi sehingga 10.00 malam