Antara keistimewaan pondok ini ialah:
- Guru-guru yang benar-benar komited dan berintegriti
- Guru-guru Arab sendiri yang mengajar Bahasa Arab
- Kitab-kitab muktamad dan mashyur diajar sehingga khatam
- Sistem hafazan dan juga kefahaman dengan tasawwur yang jelas diwujudkan
- Mempunyai Maktabah
- Mendapat sokongan dan bimbingan penuh dari S.S. Mufti Wilayah Persekutuan
- Perlaksanaan jadual yang penuh bermula pada waktu awal pagi hingga malam
- Dianugerahkan Syahadah atau Sijil yang diperakukan
Kelebihan Pondok Moden Al-A’baqirah dengan Sekolah Agama dan Pondok lain ialah:
- Konsep pembelajaran Pondok Moden ini adalah berteraskan kitab-kitab turath dan disokong dengan pembelajaran akademik. Manakala konsep pembelajaran di sekolah agama dan pondok adalah berteraskan pembelajaran silibus azhari atau akademik sahaja.
- Matlamat penubuhan pondok moden adalah bagi melahirkan golongan pelapis ulama’ dan mufti yang boleh mentafsir serta mengupas isu-isu serta masalah semasa berdasarkan kaedah dan hukum yang digariskan oleh para ilmuan Islam dan para fuqaha’ di samping mempunyai kelulusan akademik yang cemerlang serta mempunyai ijazah dan PhD.
- Guru-guru yang mengajar adalah dari kulit kitab kepada kulit kitab yakni dengan menghabisi dan mengkhatamkan sebuah kitab.
- Sistem pembelajaran yang dijadualkan seawal jam 5.00 pagi sehingga 10.00 malam