Antara keistimewaan pondok ini ialah:

• Guru-guru yang benar-benar komited dan berintegriti
• Guru-guru Arab sendiri yang mengajar Bahasa Arab
• Kitab-kitab muktamad dan mashyur diajar sehingga khatam
• Sistem hafazan dan juga kefahaman dengan tasawwur yang jelas diwujudkan
• Mempunyai Maktabah
• Mendapat sokongan dan bimbingan penuh dari S.S. Mufti Wilayah Persekutuan
• Perlaksanaan jadual yang penuh bermula pada waktu awal pagi hingga malam
• Dianugerahkan Syahadah atau Sijil yang diperakukan

Kelebihan Pondok Moden Al-A’baqirah dengan Sekolah Agama dan Pondok lain ialah:

• Konsep pembelajaran Pondok Moden ini adalah berteraskan kitab-kitab turath dan disokong dengan pembelajaran akademik. Manakala konsep pembelajaran di sekolah agama dan pondok adalah berteraskan pembelajaran silibus azhari atau akademik sahaja.
• Matlamat penubuhan pondok moden adalah bagi melahirkan golongan pelapis ulama’ dan mufti yang boleh mentafsir serta mengupas isu-isu serta masalah semasa berdasarkan kaedah dan hukum yang digariskan oleh para ilmuan Islam dan para fuqaha’ di samping mempunyai kelulusan akademik yang cemerlang serta mempunyai ijazah dan PhD.
• Guru-guru yang mengajar adalah dari kulit kitab kepada kulit kitab yakni dengan menghabisi dan mengkhatamkan sebuah kitab.
• Sistem pembelajaran yang dijadualkan seawal jam 5.00 pagi sehingga 10.00 malam